הסיכונים הגדולים ביותר של איגרות חוב והשקעות קבועות אחרות הן סיכון ריבית, סיכון אשראי וסיכון אינפלציה. יש לקחת בחשבון סיכונים אחרים, כגון סיכון השיחה, אך הם חלים רק במספר מצומצם של מצבים.
ככלל, מחירי האג"ח ושיעורי הריבית נעים זה מזה הפוך. בדרך כלל מחירי האג"ח נופלים כאשר הריבית עולה, מכיוון שאגרות חוב חדשות עם שיעורי קופון גבוהים יותר מונפקות בדרך כלל אם הריבית גבוהה יותר. לדוגמה, אם משקיע קונה אג"ח בשיעור קופון של 3% כאשר הריבית בשוק היא 3%, ומנסה למכור אותה כאשר הריבית בשוק עולה ל -4%, הוא מקבל מחיר נמוך מכפי שהיה מקבל אם הריבית הייתה לא קם.
מאחר ואגרות חוב הן סוג של חוב, בעל האג"ח חשוף לסיכון של החייבת להחליף. Moody's, Standard & Poor וסוכנויות הדירוג האחרות של איגרות חוב מפרסמות דירוגים המעריכים את הסבירות לחדלות איגרות חוב בודדות בשוק. ישנן שתי חטיבות עיקריות: ציון השקעה וציון שאינו השקעה. איגרות חוב שאינן השקעות בדרגות השקעה נושאות סיכון אשראי גבוה בהרבה, אך בדרך כלל יש להן תשואה גבוהה יותר לפיצוי.
אינפלציה יכולה להזיק במיוחד למשקיעים בניירות ערך עם הכנסה קבועה מכיוון שהתשואה שלהם היא סכום קבוע. במקרה של אינפלציה, הערך האמיתי של סכום זה נופל והמשקיעים עשויים אפילו להפסיד כסף על השקעה עם הכנסה קבועה. הדרך הקלה ביותר להתמודד עם סיכון האינפלציה היא להשקיע באגרות החוב המוגנות לאינפלציה באוצר של ארה"ב (TIPS). קרן אגרות החוב הללו מותאמת לאינפלציה כאשר היא משולמת לבעל האג"ח.
