כאשר מנהל תאגיד S משלם כסף לעסק, קיימות השלכות מס שונות בהרבה תלוי אם התשלום נחשב כהלוואה או מסווג כתרומה נוספת של הון בתשלום. החזרי הלוואות מתאגיד S למקרן בדרך כלל אינם נחשבים כהכנסה למנהל. עם זאת, אם התשלום הראשוני נחשב להון נוסף בתשלום, תשלומים עוקבים אחר הקרן עשויים להיחשב כחלוקות דיבידנד או שכר, אשר אז חייבים במס למנהל ואף עשויים לכלול מיסים על עבודה עצמית.
כדי שתשלום קרן לתאגיד S יטופל כהלוואה, שירות ההכנסה הפנימית או מס הכנסה מחייב הסכם חוב הוגן בין תאגיד S לבין הקרן. אם לא קיים הסכם כזה, ההלוואה יכולה להיחשב כהון נוסף בתשלום על ידי מס הכנסה. רכיבים של הסכם חוב בנאמנות כוללים פריטים כגון:
1) הסכם כתוב או שטר חוב בין התאגיד S למנהל
2) שיעור ריבית סביר המחויב בהלוואה
3) סוג אבטחה כלשהו להלוואה
4) לוח החזר עבור ההלוואה
הנושא הכללי בקביעה זו הוא הסכם הלוואה אמיתי שיש למלווה, שגם במקרה זה הוא מנהל, יש את כל ההגנות הרגילות של מלווה חיצוני. אם הגנות כאלה אינן קיימות, ניתן היה לראות את הכספים "בסיכון". זה זהה לכל השקעה או תרומה אחרת למיזם עסקי. מנקודת המבט של תאגיד S, יש לסווג את קבלת כספי המנהל כחוב רק אם קיים הסכם חוב אמיתי. אם לא, הכספים שהתקבלו צריכים להירשם כברירת מחדל כהון נוסף בתשלום.
מכיוון שתאגידי S הינם גופים זרימים, השפעת המס של ההכנסה וההפסד הנקי של העסק מוכרת על החזר המס הפרטני של המנהלים. המנהלים אחראים למעקב אחר בסיס המניות האישי שלהם ובסיס החוב שלהם בעסק. ניתן לנכות הפסדי מעבר של תאגיד S רק עד לסכום הבסיס שבבעלות כל מנהל. מנגד, הכנסה של תאגיד S העובר על בסיס נחשבת כהכנסה חייבת. למרות שתאגיד S עצמו אינו אחראי למעקב אחר בסיס המניות ובסיס החוב של בעליהם, עדיין עליו לתאר בבירור את תרומות ההון מהלוואות כך שהדוחות הכספיים לסוף השנה יהיו נכונים. כל שגיאה בדוחות הכספיים של התאגיד S עשויה לגרום לכך שקבצי ה- 1 שהונפקו לבעלי המניות יהיו שגויים. חשוב מאוד שתתקיים תקשורת ברורה בין הנהלת התאגיד S לבין הקרן שתורמת או מלווה כסף לתאגיד.
