עסקים מקוונים נבדלים זה מזה בצרכים ובהוצאות התפעוליות אך הם כרוכים ברבים מאותם עלויות שעושים עסקים אחרים. חישוב הוצאות עסקיות כרוך בקביעת השירותים הצפויים, ריהוט ועלויות המוצר הנדרשות. עסקים מקוונים ככל הנראה דורשים גישה מהימנה לאינטרנט, שימוש תכוף במחשבים ושירותי תקשורת. השימוש בטלפונים, שירותי אינטרנט ותוכנה הם ככל הנראה הוצאות תפעול. לבעלי אתרים יש עמלות הקשורות ביצירה ותחזוקה של האתר. עסקים המוכרים מוצר עשויים לתקצב עלויות מוצר והם עשויים לגבות מיסי מכר מהלקוחות. אם מאוחסן מלאי כלשהו, ניתן לשכור שטח אחסון בעלות לעסק. חלק גדול מהוצאות אלה זכאיות לניכוי מס עסקי או שניתן יהיה להפחתן בהחזרי מס עתידיים.
על יזמים להעריך הוצאות משוערות כחלק מתכנית עסקית. מיסים הם הוצאה נפוצה עבור מרבית העסקים והזדמנויות רבות להפחתת חבות המס עומדות לרשות העסקים הקטנים. בשנה הראשונה ניתן לנכות עד 5, 000 $ בהוצאות ההפעלה. למשל, ניתן לנכות דמי ייעוץ, סיוע מקצועי ופרסום. הוצאות אחרות כגון הוצאות רכוש ורכבים עשויות להיות מופחתות לאורך אורך החיים השימושיים של הנכס. יתכן שלא ינכו נכסים מופחתים. הפחת חל בדרך כלל על הוצאות הון.
הוצאות שוטפות עשויות לכלול שירותים, הוצאות הון ומשכורות עובדים. משכורות עשויות להוות הוצאה משמעותית לעסקים מקוונים. בעלי עסקים קטנים צריכים לעקוב אחר הוצאות שוטפות ולחפש הוצאות לצמצום. על בעלי עסקים לפנות לייעוץ מצד עמיתים לפיתוח יעדים מציאותיים והוצאות מתוכננות כחלק מתכנית עסקית רשמית.
