אג"ח ארגוני ממוסה באמצעות הריבית שהרווחת על האג"ח, דרך רווחי הון או הפסדים שנצברו במכירה המוקדמת של האג"ח, ובאמצעות הנחה מקורית בהנפקה. המסים המצטברים המגיעים לכל אחד ממרכיבים אלה מסתכמים בכמות השווה לסכום המסים המגיעים על איגרת חוב תאגידית.
הריבית שאתה מרוויח מאג"ח חברה כפופה למס הכנסה פדרלי וגם למס הכנסה ממלכתי. אלה המסים הרגילים המגיעים לאג"ח קונצרנית מסורתית. תשלומי ריבית ידועים בדרך כלל הן בגודל התשלום והן בתזמון התשלום, מה שיאפשר לבעל האג"ח לחשב את הסכום המדויק של המסים שהוא חייב בריבית.
המסים המגיעים לרווחי הון או הפסדים הינם פחות מסורתיים מהמיסים המגיעים בריבית מכיוון שמשקיע יכול לקבל רווחי הון מאג"ח קונצרנית רק אם הוא מוכר את האג"ח לפני פירעונו. אם משקיע מחליט למכור אג"ח לרווח לפני פירעונו, הסכום שהמשקיע מקבל מעל מחיר הרכישה המקורי נחשב כרווח הון ומוסה בשיעור מס הכנסה רגיל של המשקיע. אם המשקיע מוכר את האג"ח לאחר יותר משנה לאחר הרכישה, אך טרם הבשיל, הוא יחויב במס בשיעור רווחי הון לטווח הארוך.
בחלק מהמקרים, האג"ח מונפקת במחיר הנמוך מהערך הנקוב. כאשר זה קורה, כמו רכישת אג"ח קופון אפס, ההבדל בין הערך הנקוב למחיר ההצעה הראשוני נקרא הנחת ההנפקה המקורית והיא כפופה למיסים. מס מסוג זה הוא מסובך, ומשקיע צריך להתייעץ עם גורם מס אם הוא שוקל לרכוש אג"ח בהנחה מקורית בהנפקה.
