היתרונות של אסטרטגיית הייצור של Just-in-Time (JIT) מתועדים היטב, אך יכולות להיות לה גם כמה חסרונות רציניים. הוכח הנושא העיקרי בתהליך הייצור הזה בשמו. "בדיוק בזמן" פירושו שהצלחת אסטרטגיה עסקית זו תלויה במידה רבה בתיאום מדויק בין עסקים וספקיהם כדי להבטיח אספקה מהירה. מכיוון שאין מאגר מלאי, העסק עלול לסבול מאוד אם מתעכב גורם כלשהו בייצור.
אסטרטגיית הייצור של JIT פירושה שעסקים לא מייצרים פריטים למכירה עד שהוזמנו על ידי לקוחות, כלומר מלאי נמוך או לא קיים. אמנם מלאי נמוך יכול להועיל לשורה התחתונה של החברה במספר דרכים, אולם ניהול עסק בדרך זו דורש תיאום רב. החל מהשגת חומרי הגלם הדרושים לייצור וכלה בהבטחת אספקה במועד, יש לסנכרן כל היבט בייצור JIT. פירוש הדבר הוא שעסקים חייבים להשקיע ביישום טכנולוגיית מידע כדי לאפשר הודעה אוטומטית לספקים בעת קבלת הזמנות.
תחת מודלי ייצור סטנדרטיים מבוססי מלאי, עסקים מבצעים הזמנות גדולות לחומרים מסיטונאים וניתן לייצר פריטים רבים ממשלוח אחד. כאשר הייצור מרוקן את המשלוח הראשון של חומרי גלם, הזמנה נוספת נשלחת ויוצרת חיץ זמן נוח. הייצור לפי דרישה פירושו כי חברות חייבות למצוא ספקים שמוכנים למלא הזמנות קטנות ותכופות בהתראה קצרה מאוד, מה שאומר לעתים קרובות שימוש בספקים מקומיים כדי להפחית את זמן המשלוח והוצאות. ללא מלאי אחורי של מלאי או חומרים, כל נושא בשרשרת האספקה יכול להוביל לעיכוב משלוחים ולקוחות זועמים. עלייה פתאומית במחיר סחורות הגלם כתוצאה מבעיות במיקור חומרים, מחסור, אסון טבע או תהפוכות פוליטיות (המכונה הלם אספקה) יכולה גם להוות איום רציני על יכולתה של חברה לשרת את לקוחותיה בצורה יעילה.
מכיוון שייצור JIT מבוסס כולו על הזמנות קיימות, זו אינה המערכת היעילה ביותר להתמודדות עם הבלתי צפוי. חברה העושה שימוש באסטרטגיה זו עשויה להיות לא מצויידת להתמודד עם נחשול פתאומי בביקוש למוצר. היעדר מלאי גיבוי פירושו שלקוחות חייבים לחכות שהחברה תקבל אספקה ותייצר את המוצר. פירוש הדבר יכול להיות עיכובים ממושכים, לקוחות לא מרוצים ופוטנציאל של איבוד חלק מההזמנה אם מתעוררים בעיות בשרשרת האספקה.
חוסר יכולת למלא הזמנות גדולות במועד עשוי לעלות כסף לעסק, אך ישנן הוצאות נסתרות אחרות הטמונות באסטרטגיית JIT חשובות לא פחות, אם כי פחות דרמטיות. הפקת סחורות למכירה בכמויות קטנות יותר פירושה הוצאה נמוכה יותר למשלוח של חומרי גלם, אך היא יכולה בסופו של דבר לעלות יותר לחברה. עסקים בעלי רמות ייצור גבוהות נהנים מכלכלת הגודל: ככל שהייצור עולה, העלות הממוצעת של ייצור כל פריט פוחתת בפועל. הסיבה לכך היא חלקית מכיוון שרכישות סיטונאיות גדולות מגיעות לרוב עם הנחות מבוססות כמות. עסקים המשתמשים באסטרטגיית הייצור של JIT עשויים לשלם יותר לפריט מכיוון שהם חייבים לבצע הזמנות קטנות ותכופות יותר שאינן מתאימות להפסקות מחירים מסוג זה. דמי המשלוח והמשלוח הנוספים המלווים הזמנה תכופה יותר יכולים גם הם להשפיע חשוב על השורה התחתונה, כמו גם על הסביבה.
